Episoder
Manhunt
August 21, 2006
Michael og gruppen tvinger Bellick til at overgive kontrollen til FBI. Specialagent Mahone opdager Michaels flugtplaner, og T-Bag tager drastiske metoder i brug for at få sin hånd tilbage.
Otis
August 28, 2006
Mahone bruger LJ som lokkemad for at fange Lincoln og Michael, T-Bag får sin afhuggede hånd tilbage, og en desperat redning på målstregen bringer brødrene ansigt til ansigt med deres forfølger.
Scan
September 4, 2006
Michaels vigtigste aktiv ender i Mahones hænder. Guvernøren giver Sara en chokerende nyhed, og Sucre og C-Note forsøger at blive genforenet med deres familier for hver en pris.
First Down
September 11, 2006
Bellick fanger Michael og resten af gruppen, men det er ikke politiets dusør han er ude efter. Nika laver en fælde, men vi ved ikke for hvem.
Map 1213
September 18, 2006
Brødrene ankommer endelig til Utah, men de er ikke alene. Sucre bliver forladt ved alteret. C-Note kæmper for sit liv, og Double K Ranch afslører ikke sine hemmeligheder uden kamp.
Subdivision
September 25, 2006
Millionerne er gemt et sted under et hus, så Michael må lokke kortet ud af T-Bag for at finde ud af, hvordan han får pengene ud. Mahone nærmer sig sit bytte, og en af de flygtende nærmer sig enden.
Buried
October 2, 2006
Flugtfangerne finder skatten, men Sucre har sine egne planer. Lincoln risikerer alt for at finde LJ. The Company retter deres opmærksomhed mod Sara, og Mahone sætter Tweener på den ultimative prøve.
Dead Fall
October 23, 2006
Sucre forråder gruppen og flygter med de nyfundne fem millioner dollars, hvilket giver Michael problemer.
Unearthed
October 30, 2006
Michael besøger Mahones ekskone og regner hans mørke hemmelighed ud. Bellick angriber T-Bag og helmer ikke, før han får at vide, hvor pengene er. Lincoln og LJ kommer til vejs ende.
Rendezvous
November 6, 2006
Michael og Sara bliver genforenet, men deres tid sammen bliver kort, da Mahone endelig indhenter dem. Lincoln møder sin far.
Bolshoi Booze
November 13, 2006
For at blive genforenet med Michael må Lincoln efterlade LJ. Michaels planer om at skaffe et flugtfly mislykkes. T-Bag flygter fra politiet, men må betale en høj pris.
Disconnect
November 20, 2006
Sara flygter fra sin plageånd. Aldo slutter fred med Michael, men må betale den ultimative pris. Michael og Lincoln beslutter sig for at holde op med at flygte.
The Killing Box
November 27, 2006
T-Bag tager kreative metoder i brug for at finde Mrs. Hollander.
John Doe
January 22, 2007
Kellerman arrangerer et møde mellem Michael, Lincoln og Steadman, men det går ikke helt som planlagt. Bellick bliver uvenner med den forkerte fange i Fox River.
The Message
January 29, 2007
Michael og Lincoln fortæller deres historie på landsdækkende tv, mens de er på flugt sammen med Kellerman.
Chicago
February 5, 2007
Endnu en fange bukker under, men først går Michael, Lincoln, Kellerman og Sara ombord på et tog mod Chicago, og Bellick får en særdeles velkommen gæst på besøg i Fox River.
Bad Blood
February 19, 2007
Michael og Sara henvender sig til Henry Pope for at få de informationer, der kan vælte The Company. En flugtfange må vælge mellem sin datter og sine venner.
Wash
February 26, 2007
Michael, Lincoln og Sara finder endelig det bevismateriale, de har brug for, for at rense Lincoln, men de har brug for en hjælpende hånd indefra for at få sandheden frem.
Sweet Caroline
March 5, 2007
Michael møder endelig præsidenten ansigt til ansigt. En uventet alliance opstår mellem Bellick og Sucre. T-Bag mister sine penge, og C-Note får et godt tilbud.
Panama
March 19, 2007
Mens brødrene forbereder sig på et liv i frihed, er Sara tvunget til at ofre sig selv for at bevare deres sikkerhed. T-Bag myrder på livet løs syd for grænsen.
Fin Del Camino
March 26, 2007
Sara er i retten, Michael er fast besluttet på at få de fem millioner og på at standse T-Bags terrorregime. Kellerman ser sine dæmoner i øjnene, og Lincoln og Mahone ender i en konfrontation.
Sona
April 2, 2007
Michael forsøger at redde sig selv og Lincoln fra Mahone. Et uventet vidne ændrer alt ved Saras retssag. Sucre risikerer alt for at finde Maricruz, og T-bag vælger den forkerte side.
