Episodi
Il nuovo mondo: prima parte
June 11, 2006
Tom e Diana, con l'aiuto di Gary Navarro, cercano di rintracciare T.J. Kim, un 4400 la cui abilità parrebbe aver spinto un uomo ad accoltellare Dennis Ryland. Richard e Lily si ritrovano ad avere a che fare con una Isabelle ormai cresciuta.
Il nuovo mondo: seconda parte
June 11, 2006
Gary Navarro viene arrestato dopo aver tentato di assassinare Dennis Ryland. Isabelle tenta il suicidio nella speranza di salvare sua madre, ma fallisce sopravvivendo a una caduta dal tetto del Centro 4400.
Scambio d'identità
June 18, 2006
T.J. Kim viene ucciso e Tom viene accusato dell'omicidio. Shawn e Isabelle si avvicinano.
La sorella di Maia: prima parte
June 25, 2006
Tom e Diana cercano il responsabile di alcuni sequestri di giovani 4400. Shawn è minacciato dal Nova Group.
La sorella di Maia: seconda parte
July 2, 2006
In una delle fantasie di Alana, Tom e Alana vedono Maia, anche se non hanno alcun ricordo della sua esistenza. La vita di Diana è in pericolo e Tom fa un patto con gli uomini del futuro per correggere la storia.
Attacco a Shawn
July 9, 2006
Isabelle vuole vendicarsi del Nova Group dopo il loro attacco a Shawn. Alana affronta l'uomo che ha ucciso suo marito e suo figlio in un incidente d'auto avvenuto 9 anni prima.
Lo scambio
July 16, 2006
Con l'aiuto di Dennis Ryland, l'NTAC rintraccia gli altri membri del Nova Group. Nikki fa una visita inaspettata a Shawn.
Stato di allucinazione
July 23, 2006
Tom e Diana assumono un allucinogeno che è stato creato con un olio prodotto dalle mani di un 4400.
Sogno premonitore
July 30, 2006
Kevin Burkhoff diventa un bersaglio quando viene scoperta la sua ricerca sulla promicina. Tom e Diana cercano Kevin, ma scoprono fin dove si spingerà per proteggere il suo lavoro. Shawn incontra il suo idolo al Centro 4400.
Visioni dal futuro
August 6, 2006
L'indagine di Tom e Diana su una serie di orribili omicidi li porta a scoprire un'altra cospirazione all'interno del governo. Al Centro, Shawn riceve in dono da uno dei 4400 la possibilità di vedere il suo futuro.
Il predicatore
August 13, 2006
L'NTAC e il Centro 4400 collaborano per trovare Jordan Collier. Kyle Baldwin riceve una visita a sorpresa in prigione.
Tra il bene e il male
August 20, 2006
I membri del Nova Group che erano sotto la custodia dell'NTAC evadono con l'aiuto esterno di Jordan Collier. Diana racconta ad April della sua relazione con Ben. Shawn e Richard scoprono che Isabelle sta lavorando con Dennis Ryland.
Il piano di Jordan
August 27, 2006
Tom e Diana continuano le loro indagini sul piano di Jordan Collier. Dennis Ryland ritorna all'NTAC. Isabelle rimane gravemente ferita quando prende in ostaggio una classe.