Episodi
Un collega insostituibile
September 25, 2007
Un teschio viene lanciato da un cavalcavia e si schianta sul parabrezza di un'auto: Booth convince Bones a tornare a investigare sul campo con lui, visto che da tre mesi rimaneva chiusa in laboratorio per coprire i turni di Zack, partito per l'Iraq, che lei non riesce a sostituire.
Un mondo più giusto
October 2, 2007
L'omicidio improvviso di una madre di famiglia è uno spunto inaspettato per spingere Bones a rivalutare il suo rapporto con il padre e le intenzioni di lui nei suoi confronti. Booth, seguendo le indagini, scopre che l'omicidio è l'ultimo strascico di un caso aperto ben 3 anni prima e di cui si era occupato il suo mentore.
Amore sbagliato
October 9, 2007
Il team indaga su un omicidio nel torbido mondo del sesso fetish.
Il segreto del suolo
October 23, 2007
Il team scava per risalire all'omicidio di un contadino.
La mummia nel Labirinto
October 30, 2007
In un parco dei divertimenti, all'interno di una delle attrazioni, viene trovata una mummia che purtroppo non è un fantoccio, ma un vero cadavere. Gli eventi si svolgono a ridosso della notte di Halloween e il gruppo di lavoro del Jeffersonian, che la sera sarà impegnato in una festa di rappresentanza, si trova a gestire l'indagine in abiti e situazioni fumettistiche.
Chiunque ma non uno di noi
November 6, 2007
In un inceneritore vengono scoperti i resti di una ragazza interna dell'istituto. Si incomincia ad indagare e tutti vorrebbero affibbiare il delitto al serial killer ma Booth lo esclude a priori e lentamente emergerà una torbida storia di amore, prestigio e contrabbando. Bones è amareggiata nello scoprire che l'assassino è proprio uno degli scienziati del Jeffersonian.
Il ragazzo nella Capsula del Tempo
November 13, 2007
Il team indaga sul ritrovamento di un corpo in una capsula del tempo in un liceo.
I Cavalieri di Colombo
November 20, 2007
La lotta al "figlio della vedova" continua.
Un Babbo Natale insanguinato
November 27, 2007
Il team investiga sulla morte di un babbo natale.
L'uomo nel fango
April 14, 2008
I resti di un pilota di moto sono trovati in una sorgente termale. Il team cerca il killer.
Lo sport fa male
April 21, 2008
Booth e Bones indagano sul corpo trovato nel retro delle tribune di un campo da Basket. Il cadavere si rivelerà essere di un giocatore della squadra della scuola, rimasto impantanato in una complessa situazione fatta di steroidi, di cheerleader e di gelosia paterna. Bones non ha una buona opinione generale degli sportivi e Booth approfitterà della situazione per farla ricredere.
Ricominciare da un ponte
April 28, 2008
Booth e Brennan indagano sulla scena del ritrovamento di un'automobile uscita di strada. Il corpo della vittima è stato deliberatamente incediato per evitarne il riconoscimento.
L'uomo nero
May 5, 2008
Mentre Booth e Bones si apprestano a iniziare una nuova indagine, Caroline va a informarli che sta per iniziare il processo per omicidio a carico di Max, il padre di Temperance. Durante il processo, per accusa e difesa ci saranno alti e bassi : la giuria ha bisogno di un « uomo nero » da incolpare per l'omicidio e quello nero, potrebbe darglielo proprio Bones.
Voglia di cantare
May 12, 2008
Brennan e Booth investigano su'omicidio di un giovane aspirante cantante il cui corpo è stato rinvenuto sul margine di una strada di campagna.
L'ultimo discepolo
May 19, 2008
Al Jeffersonian viene ritrovato un osso mascellare umano. Brennan e il team capiscono al volo che il serial killer Gormogon ha colpito ancora.