Episodi
Ricerca e salvataggio
July 10, 2008
Il Colonnello Carter è alla guida di una missione per salvare alcuni membri della squadra rimasti intrappolati sotto le macerie del laboratorio di Michael. Nel frattempo Michael si sta avvicinando sempre di più a bordo di un'astronave da combattimento.
Il seme
July 17, 2008
La Dottoressa Keller viene aggredita da un'entità aliena e la squadra si rivolge al clone di Carson che è stato da poco rimosso dallo stato di ibernazione.
Legami spezzati
July 24, 2008
Ronon viene catturato dal uno dei suoi vecchi amici adoratori dei Wraith. Tyre intende offrirlo ai Wraith per ritornare nelle loro grazie.
Variazioni Daedalus
July 31, 2008
La squadra di Sheppard trova l'astronave terrestre Daedalus abbandonata in orbita del pianeta, ma una volta a bordo il team si ritrova a saltare da una realtà parallela all'altra.
Il fantasma nella macchina
August 14, 2008
I membri della spedizione vengono in contatto con un Replicante scienziato di nome Koracen il quale afferma che i Replicanti hanno scoperto il modo di 'ascendere' digitalmente. Il team è ovviamente scettico e Koracen offre una dimostrazione pratica, tuttavia durante l'esperimento, la squadra rimane bloccata all'esterno di una delle stanze della città.
Il santuario
August 21, 2008
McKay contrae la versione Pegaso del morbo di Alzheimer, chiamata 'Seconda Infanzia'. La malattia agisce sui suoi sistemi neurali e Rodney comincia a perdere la memoria.
Sussuri
September 4, 2008
Durante una missione su un pianeta dove si trova uno dei laboratori di ricerca di Michael, Sheppard e Beckett s'imbattono in una creatura terrificante.
La regina
September 11, 2008
Sheppard e la sua squadra sono impegnati in una missione insieme a Todd per negoziare un'alleanza con un'astronave Alveare. Per far si che la missione abbia successo, Teyla assume le sembianze di una Regina Wraith.
Tracce
September 18, 2008
La Dottoressa Keller viene rapita durante una missione di assistenza su un altro pianeta. Ronon e McKay si mettono sulle sue tracce e scoprono che l'uomo che l'ha rapita ha qualcosa in comune con Dex.
Primo contatto
September 25, 2008
Daniel Jackson arriva ad Atlantide per effettuare delle ricerche su uno scienziato degli Antichi di nome Janus.
La tribù sperduta
October 9, 2008
Sheppard deve salvare McKay e Daniel Jackson dal laboratorio di Janus, prima dell'arrivo di Todd, che è riuscito a impadronirsi dell'Apollo.
I forestieri
October 16, 2008
I Wraith scoprono la presenza di un gruppo di sopravvissuti agli esperimenti di Michael che la squadra di Atlantide ha sistemato presso il popolo di un altro pianeta. Sheppard e gli altri cercano di convincere gli abitanti del villaggio a evacuare prima che l'astronave Alveare arrivi.
L'inquisizione
October 19, 2008
Sheppard e la sua squadra vengono accusati di crimini contro la Galassia di Pegaso da una Coalizione di pianeti abitati da esseri umani. Costretti ad affrontare il processo, si affidano a Woolsey e alle sue conoscenze legali.
Il prodigio
November 6, 2008
Michael riesce a impossessarsi della sala controllo di Atlantide ed è determinato a rapire il bambino di Teyla.
Resti
November 13, 2008
La spedizione sta esplorando il loro nuovo pianeta e la squadra scopre che esiste un'antica razza di alieni indigeni del posto. Nel frattempo Sheppard viene catturato da un vecchio nemico creduto morto.
Cervelli nella tormenta
November 20, 2008
Rodney è costretto a tornare sulla Terra per assistere al trionfo scientifico di un suo vecchio rivale. Tuttavia, una volta tornato a casa, McKay deve intervenire per distruggere la nuova tecnologia che ha effetti devastanti sul clima.
Infezione
December 4, 2008
Una nave alveare dei Wraith arriva in orbita sul pianeta di Atlantis e manda un segnale di soccorso. Sheppard guida una squadra per indagare sull'accaduto e scopre che i Wraith sono stati contagiati da una strana malattia.
Identità
December 11, 2008
Una ladra usa un congegno degli Antichi per scambiare il suo corpo con quello della Dottoressa Keller, la quale in fuga da Atlantis, deve vedersela con il complice della ladra che le ha rubato il corpo e un gruppo di cittadini derubati che sono sulle sue tracce.
Vegas
December 18, 2008
Il Detective John Sheppard indaga su una serie di strani omicidi avvenuti nella città di Las Vegas...
Il nemico alle porte
January 8, 2009
Todd informa gli abitanti di Atlantide che un Wraith ribelle è entrato in possesso di alcuni Z.P.M. e che ha al suo comando una formidabile nave alveare. La Dedalus ingaggia battaglia ma non riesce a sconfiggerla a la squadra viene a sapere che l'astronave nemica è in rotta verso la Terra....
