エピソード
聖域ユニマトリックス・ゼロ（後編）
October 4, 2000
同化されたことによる影響と戦いながら、ジェインウェイ、トゥヴォック、トレスは、ボーグの中央網にナノウイルスを放とうとする。一方、ボーグ・クイーンは破れかぶれで何千ものボーグ・ドローンを殺し始めた。
セブンの涙
October 11, 2000
セブン・オブ・ナインの体に入っているボーグの部品が動かなくなってきた。セブンを救うために、ヴォイジャーのクルーは死んだボーグ・ドローンの体から代替品を探さなければならない。しかし部品の変更は死を招くかもしれないのだ。
愛の危機
October 18, 2000
新型デルタ・フライヤーのテスト飛行中に、パリスは異星人パイロットから呼びかけられて、レースに出場することになった。ところが、そのレースはパリスとトレスの予想を超える厳しいものだった。
狙われたマキ
October 25, 2000
ヴォイジャーのクルーが次々と謎の症状で倒れていく。捜査を始めたトゥヴォックは、被害者全員が元マキのメンバーであることに気づいた。さらに究明を進めたトゥヴォックは、艦隊のクルーを制圧するための極秘計画を発見する。
正義のドクター・スピリット
November 1, 2000
ドクターは誘拐されて異星人の医療船に連れて来られた。そこでの医療は、患者の地位によって扱いが異なるというものだった。ヴォイジャーがドクターの捜索をする一方で、ドクターは医療船の医療方針に戦いを挑む。
幻の帰還計画
November 8, 2000
アルファ宇宙域から届いたのは“今月のメール”ではなく、レジナルド・バークレーのホログラム・データだった。そのホログラムは、すぐに地球へ帰ることができるという宇宙艦隊のプランを説明した。
セブンになったドクター
November 15, 2000
ロキリムの領域で、ハリー・キムとセブンは捕らえられた。“ホログラムの反乱者”を運んでいるというのだ。ロキリム人たちに気づかれないように、ドクターはセブンのインプラントの中に隠れて、彼女の体をコントロールすることにした。
偽りのナイチンゲール
November 22, 2000
キムは、2つの種族の戦闘に遭遇して、片方の船の艦長が死んでいることを知った。相手側を撤退させると、キムは、その船の任務が完了するまで艦長を務めるよう依頼される。
裏切られたホログラム革命（前編）
November 29, 2000
救難信号を受けて急行すると、ヒロージェンのホログラムによる狩猟訓練場から、ホログラムの戦闘キャラクターが逃走したという。ホログラムたちはヒロージェンによって学習能力を与えられ危険な一団となっていた。ヴォイジャーも追跡に加わるがドクターが拐われてしまう。
裏切られたホログラム革命（後編）
November 29, 2000
ホログラムたちを無力化する作戦は失敗し、トレスが誘拐されてしまった。協力を求められたトレスは女性カーデシア人ホログラムのエンジニアと作業するうちに徐々に彼らを理解してゆく。他方、ドクターはホログラムのリーダー・アイデンが有機体への敵意を増大させてゆくことに不安を覚える。
対決する時空
January 17, 2001
ヴォイジャーは、一連のひずみ波動に打たれて、時間の流れの中を過去や未来にさまよい始めた。その影響をまぬがれたチャコティは、それぞれの時空でクルーと一緒に船を安定させようとする。
母となる者の孤独
January 24, 2001
ベラナ・トレスは、自分が妊娠したことを知って、子供の奇形を遺伝子の変更によって改善できると考えた。そこで問題となったのは、子供からクリンゴン人の特徴を消してしまうか否かという点だ。
宿命の殺人星人
January 31, 2001
遭難船からナイジアンの看守と囚人を救出したジェインウェイは、船が囚人の死刑執行に向かっていたことを知った。しかしセブンのナノプローブで殺人犯の一人を“治療”できたことから、ジェインウェイは、もはやその男が殺人犯と同じ人物であるとはいえないと主張する。
預言の子
February 7, 2001
旧式の戦艦に乗ったクリンゴン人たちは、トレスが妊娠していることを知って、その子供こそが、苦境に立つクリンゴンを新しい母国に導いてくれる“預言の子”だと主張した。
略奪空間の怪人達
February 14, 2001
ヴォイジャーは、完全な暗黒の空間に引き込まれた。そこからは、どんな船も脱出できないのだ。そこに入った船は、新たに引き込まれた船から物資を略奪することで生き延びていた。ヴォイジャーもそれらの船から攻撃を受ける。
人間改造惑星クアラ（前編）
February 21, 2001
惑星クアラで、ヴォイジャーのクルーは新しい人生を送っていた。彼らは工業社会の中で様々な仕事についているのだ。だが奇妙なことに、誰一人としてヴォイジャーに乗っていた時の記憶を持っていなかった。
人間改造惑星クアラ（後編）
February 28, 2001
ヴォイジャーはクアラのパトロール船から攻撃を受けた。チャコティは惑星に潜入して、彼の説明を信じない同僚たちを新天地から解放しようとする。
人への歩み
March 7, 2001
セブンは、ホロデッキで対人関係の学習をしていた。ところが、仮想世界に没頭するあまり、任務に身が入らなくなっていく。セブンが心を奪われた新しいボーイフレンドは、ホログラムのチャコティだった。
断絶するＱ
April 11, 2001
Ｑが再びヴォイジャーに現れた。今回はＱ２を連れている。それは強力なパワーを持ったティーンエイジの息子である。Ｑ２は、行儀を学ばなければ連続体から追放する、と警告を受けていた。Ｑは息子をジェインウェイに押しつけて、彼の生き方を変えてほしいと頼んだ。
夢みるホログラム
April 18, 2001
ドクターが作ったホロ小説『光よ、自由であれ』が波紋を広げた。それに登場するヴォイジャーのクルーが誇張され、ゆがめられているからだ。艦隊が困ったことに、それは地球で出版されてしまった。
終焉の星
April 25, 2001
ヴォイジャーは、フレンドシップ１を捜索するように命じられた。それは300年前にこの付近に向けて打ち上げられた探査機である。ジェインウェイたちは探査機を発見したものの、派遣チームは近隣の病んだ人々から攻撃されてしまう。彼らはヴォイジャーに窮状を訴えた。
原始惑星の人々
May 2, 2001
チャコティとセブンの乗ったシャトルは、謎のエネルギー・バリアに包まれた惑星に墜落した。２人は惑星に住む原始的な人々に助けられる。ジェインウェイは、２人を救出するために、惑星の進化を防いでいるバリアを解除すべきか否かを決断しなければならない。
帰り行く処（ところ）
May 9, 2001
近くにタラクシア人のコロニーが見つかり、彼らは採鉱者のグループとの交渉役を求めていた。ニーリックスはタラクシア人の同胞たちに心引かれ、ずっとそこに留まるべきではないかと考えた。しかしそれはヴォイジャーとの永遠の別れを意味するのだ。
偽りのクルー
May 16, 2001
ルカール族の領域に入ったヴォイジャー彼らに降伏を命じられる。ヴォイジャーのワープシステムは彼らの領域では違法なのだという。ルカールとの交渉の末、ワープコアを彼らに渡す代わりに、クルー全員をMクラスの惑星に移住させることにするジェインウェイ。
道は星雲の彼方へ
May 23, 2001
ヴォイジャーが無事地球に帰還して10年、今日は10周年記念パーティーの日、かつてのクルーたちが集まって、同窓会が開かれる。 未来を変えるため時空を超え、過去のヴォイジャーにやってきたジェインウェイ。彼女は過去の自分を説得し、ヴォイジャーを再びワームホールがあると思われる星雲へ向かわせる。そこで彼らが目にしたものは…。
