Seizoen 2
September 27, 1997
Het lek wordt ontdekt. Het blijkt te gaan om topambtenaar Frederik Swager, die kort na deze ontmaskering wordt vermoord en waarbij dit perfect als zelfmoord wordt voorgesteld. Het proces tegen de overgebleven Scylla-topmensen gaat van start, maar loopt niet volgens plan. Suurbier, een uitvoerende kracht van Scylla en onder andere de moordenaar van Paul Rieding, verklaart tegenover de rechter dat de doodgeschoten Johan Faber het grote brein achter de organisatie was en dat de rol van Gerard Ruysdael veel kleiner was dan iedereen dacht. Het officiële bewijs tegen Ruysdael wordt hierdoor wel erg mager. De unit weet dat Suurbier's verklaring niet klopt en zoekt koortsachtig naar nieuwe getuigen. Vreemd genoeg worden de rechercheurs op alle fronten tegengewerkt. Als er eindelijk een sterke kroongetuige wordt gevonden tegen Ruysdael wordt er een aanslag gepleegd op het politiebureau waar de unit onderdak heeft. Daarbij komen twee mensen om, onder wie de kroongetuige. Ruysdael wordt vrijgesproken en na een verdachte banktransactie vermoord. Dan wordt duidelijk dat er sprake moet zijn van een nog veel grotere organisatie, naast of zelfs boven Scylla. Speurwerk brengt de unit op het spoor van Phoenix, een organisatie die zich onder mee bezighoudt met de smokkel van uranium. Ruysdael bezat waardevolle papieren die deze smokkel mogelijk moest maken. Ook komt er een merkwaardige deal aan het licht tussen Scylla, Phoenix en drie topmensen van justitie. De uraniumsmokkel wordt opgelost, maar er is onvoldoende bewijs om de top van Phoenix achter de tralies te krijgen. De mensen achter Phoenix, Jacques Koops, Irina Breitner en bankier Jeremy Cornwell, blijken belangen te hebben in zo'n zestig bedrijven en instanties, zowel onder- als bovengronds. Dan wordt van hogerhand besloten dat de unit het onderzoek moet staken. Seizoen 2 loopt van september 1997 tot en met december en telt 13 afleveringen.
13 Afleveringen
Afleveringen
Een valse start
September 27, 1997
Een Fin wordt na een auto-ongeluk opgenomen in het ziekenhuis. Daar blijkt dat hij ernstig ziek is t.g.v. een overdosis aan radioactieve straling en in zijn auto zat een koffertje met plutonium. Ook is het proces tegen de misdaadorganisatie "Skylla" begonnen.
De kroongetuige
October 4, 1997
Bilderdijk is razend omdat Swager, de adviseur van de minister zelfmoord gepleegd zou hebben. Harry gaat op zoek naar de getuige Lotti Werner. Als het team op de ontmoetingsplaats van de Fin met het koffertje verschijnt wordt hen dit afhandig gemaakt. Verder ontploft er een bom in het bureau waar Unit 13 is ondergebracht en komt oa Lotti Werner om.
Teruggefloten
October 11, 1997
Het onderzoek naar de bomaanslag wordt bij de Rijksrecherche ondergebracht. Ruard en Adriënne willen stoppen met het onderzoek naar "Skylla". Verder is er een container met grondstoffen voor plutonium gevonden. Tevens wordt het meisje herkend dat het koffertje met monsters gestolen heeft maar zij wordt later vermoord in het bos gevonden.
De uitspraak
October 18, 1997
De kist met plutonium grondstoffen wordt leeggemaakt en voorzien van een zender en verscheept naar Spanje. Tevens gaat undercoveragent Michael Zoethout mee aan boord. De hoofdverdachte van "Skylla" wordt vrijgesproken. Talsma maakt bekend dat hij voorlopig niet verder gaat met de unit en wijst Ben aan als zijn opvolger. Harry gaat op onderzoek uit in een bordeel en wordt neergeslagen.
Ongeziene gast
October 25, 1997
Talsma gaat tijdens zijn vakantie verder met het onderzoek. Harry ontmoet een oude vriendin, maar zij blijkt voor "Phoenix" te werken. Een vriendin van het vermoordde meisje helpt de unit om achter de identiteit van de dader van de bomaanslag te komen. De veroordeelde uit de "Skylla" zaak wordt tijdens een transport bevrijd en schiet daarna de vrijgesproken Ruysdaal dood. De undercoveragent Michael Zoethout wordt aan boord met zijn mobiele telefoon betrapt en opgesloten.
Stukjes van de puzzel
November 1, 1997
Na de ongelukkige afloop van Zoethouts undercover-actie legt Bilderdijk Talsma het vuur na aan de schenen. Er zijn slechts twee schakels die de Unit waardevolle informatie kunnen opleveren: Van Dalen en het ambulancepersoneel.
De afspraak
November 8, 1997
Deze aflevering: Talsma vertrekt naar Brussel, het wordt een "vruchtbaar" uitstapje. Ondertussen zit Adrienne ook niet stil en daar is niet iedereen even blij mee. Bresler voelt zich enorm verraden, reden voor de Unit om actie te ondernemen.
Overloper
November 15, 1997
Swart onderneemt actie, nadat hij vorige keer net aan de dood wist te ontsnappen. Talsma probeert zijn contact met Liza te verdiepen.
De verdwijning
November 22, 1997
Bresler is over zijn toeren door de dood van Shanti en dat brengt hem op rare ideeën. Samen met de marine bereidt de Unit een actie voor.
Drijfzand
November 29, 1997
Ben zit met het bezoek van Vitti in zijn maag. Ruard, Ben en Adriënne maken aan boord van een marineschip een actie mee om het verdachte schip Challenger aan te houden.
Onder water
December 6, 1997
Op het openbaar ministerie wordt de marine-actie geëvalueerd. Aarts is verontrust als tijdens dat gesprek de naam van Jeremy Cornwell valt. Van Dalen wordt tijdens zijn verhoor onder grote druk gezet.
Gijzeling
December 13, 1997
Talsma wil ten koste van alles advocaat Vitti op zijn nummer zetten. De rijksrecherche krijgt de opdracht een onderzoek uit te voeren naar de 'onhandige' actie van Kinky en Lobith. Wanneer Adriënne niet op een afspraak van Talsma verschijnt, slaat de Unit alarm.
In de houdgreep
December 20, 1997
Op de Unit loopt de spanning hoog op nu de rol van Phoenix steeds duidelijker wordt. Adriënne zit nog steeds vast in de bunker en Liza heeft een heel belangrijke tip voor Talsma. Kinky wordt verhoord over de actie met Van Dalen. De politiek krijgt het zwaar te verduren nu de puzzel bijna compleet is.
