Odcinki
Szósta zagłada
November 7, 1999
Kontynuacja ostatniego odcinka szóstej serii. Stan Muldera znacznie się pogarsza. Czuwa przy nim Skinner. Z niespodziewaną pomocą przychodzi Michael Kritschgau. We wszystko miesza się Diana Fowley, która gra na dwa fronty. Scully, po badaniach nad artefaktem, wraca do USA by pomóc Mulderowi odzyskać siły.
Szósta zagłada: Poddany miłości
November 14, 1999
Kontynuacja poprzedniego odcinka. Do Muldera przychodzi jego matka. Wkrótce potem odwiedza go również Palacz i mówi mu, że jest jego ojcem. Zabiera go do innego szpitala i chce zamienić jego materiał genetyczny ze swoim, by móc stać się hybrydą. Skinner jest szantażowany przez Kryceka. Diana pomaga Scully znaleźć Muldera. Kiedy Mulder wraca do zdrowia dowiaduje się, że Fowley i pan Hosteen nie żyją.
Głodny
November 21, 1999
W bagażniku porzuconego samochodu zostają znalezione zwłoki mężczyzny pozbawionego mózgu. Plakietka leżąca obok ciała naprowadza agentów na trop miejscowego fast-foodu o nazwie „Lucky Boy”. Podejrzenia padają na jednego z pracowników, który ma za sobą wyrok, jednak Mulder sądzi, że sprawcą jest mutant odczuwający niepohamowany apetyt na mięso.
Millennium
November 28, 1999
Odcinek nawiązujący do innego serialu ze stajni Chrisa Cartera – „Millennium”. Pojawia się w nim Frank Black, do którego Scully i Mulder zwracają się o pomoc w rozpracowaniu kilku przypadków zbezczeszczenia grobów byłych agentów FBI, którzy popełnili samobójstwo. Ślady magicznych obrzędów w pobliżu grobów wskazują, iż grupa Millenium nie zaprzestała dążenia do wywołania Armageddonu wraz z nastaniem 2000 roku i że ktoś pragnie powołać z martwych Czterech Jeźdźców Apokalipsy, którzy poprowadzą powstanie innych umarłych w Dzień Sądu.
Pęd
December 5, 1999
Na obrzeżach spokojnego miasteczka znajdują się zapadłe jaskinie i ukryte rozpadliny, które są, jak się wydaje, siedliskiem potężnej elektromagnetycznej siły. Korzystanie z niej daje umiejętności znacznie przekraczające te normalnie posiadane przez ludzkie ciało. Umiejętności te przejmuje kilkoro nastolatków, jednak niektórzy z nich nie chcą ich wykorzystać we właściwy sposób.
Wariacja Goldbergowska
December 12, 1999
Trwa rozgrywka pokerowa w luksusowej siedzibie mafijnego bossa, niejakiego Cutrona. Niepozorny i nieco zdenerwowany mężczyzna, Henry, który – jak się wydaje – gra po raz pierwszy, zbiera w ręku małego pokera i wygrywa sto tysięcy dolarów. Mafia w przekonaniu, iż Henry ją wykiwał, wyrzuca nieszczęśnika z okna na trzydziestym piętrze. Dziwnym trafem jednak mężczyzna wychodzi z upadku bez szwanku. Mulder podejrzewa, że mężczyzna ma nieustające szczęście.
Orison
January 9, 2000
Kontynuacja wątku z odcinka „Irresistible” z drugiego sezonu Archiwum. Skazany na dożywocie seryjny morderca i nekrofil, Donnie Pfaster, z którego rąk niegdyś Scully ledwie co uszła z życiem, ucieka z więzienia za sprawą hipnotycznych właściwości więziennego kapelana. Jest udręczony długim postem i chce jak najszybciej zaspokoić swoją żądzę zabijania, a przede wszystkim – dokończyć to, czego nie pozwolono mu zrobić przed laty. Prześladowana przez piosenkę „Don't look any further” Scully ponownie ma wrażenie, że w jej życiu ścierają się siły dobra i zła.
Niesamowity Maleeni
January 16, 2000
Magik o pseudonimie Niesamowity Maleeni daje pokaz, w którym głównym punktem programu jest obrót głowy o 360 stopni. Jednak zaraz potem zostaje znaleziony martwy w swoim samochodzie, z głową oddzieloną od tułowia. Okazuje się, że niefortunny iluzjonista miał brata – bliźniaka, który jednak miał wypadek, w którym stracił nogi. Mulder podejrzewa, że w całej sprawie, chodzi o długi karciane.
Znaki i cuda
January 23, 2000
Młody członek lokalnej społeczności, niewielkiej i zgromadzonej wokół miejscowej parafii, ginie od ukąszeń grzechotników. Okazuje się, że wraz ze swoją spodziewającą się dziecka dziewczyną odszedł niedawno ze zgromadzenia Kościoła Bożego Znaków i Cudów, gdzie elementem liturgii jest taniec z jadowitymi wężami. Jednak ci, którzy wydają się najbardziej oczywistymi podejrzanymi, nie muszą być faktycznie winni.
Bycie i czas
February 6, 2000
Rodzice małej Amber Lynn LaPiere odchodzą od zmysłów, gdy ich córka znika nagle z sypialni. W sprawie jest sporo dziwnych elementów – ojciec ma wizję, w której widzi Amber martwą, a matka w swoistym transie pisze list, rzekomo od porywacza. Sprawa okazuje się być dla Muldera ciężką próbą, gdyż przypomina mu casus zniknięcia jego siostry, Samanthy. Na domiar złego, matka Foxa popełnia samobójstwo. Ten i następny odcinek są hołdem dla rodzin uprowadzanych i zamordowanych dzieci. Przywołują przykłady porwań: Amber Hagerman, (jej porwanie spowodowało wprowadzenie AMBER Alert – natychmiastowego informowania mediów o każdym podejrzanym zniknięciu dziecka), Polly Klaas oraz JonBenét Ramsey.
Zamknięcie
February 13, 2000
Kontynuacja poprzedniego odcinka. Mulder zmaga się z bolesną świadomością, iż samobójcza śmierć matki nie pozwoliła im wyjaśnić sobie wielu rzeczy i że wiedziała ona więcej o porwaniu Samanthy, niż mu kiedykolwiek zdradziła. Z pomocą jasnowidza, którego zdolności przebudziły się po osobistej tragedii – gdy bez śladu zniknął jego synek – Mulder odbudowuje krok po kroku zdarzenia sprzed lat. Okazuje się, że Samantha była przetrzymywana w ośrodku rządowym, z którego uciekła i wkrótce potem zmarła. Kiedy Mulder się o tym dowiaduje, odnajduje wreszcie spokój, którego tak długo szukał.
Jak w serialu
February 20, 2000
Pomysłowy odcinek zrealizowany na wzór serialu dokumentalnego „Cops”, w którym kamera towarzyszy na żywo poczynaniom amerykańskich policjantów w czasie służby. Obiektem śledztwa jest niezidentyfikowane stworzenie, grasujące w czasie pełni, które potrafi przyjąć dowolną, najbardziej w danym momencie przerażającą dla ofiary formę. Strach jest tak rzeczywisty, że potrafi zabić.
Strzelanka
February 27, 2000
W testowaną tuż przed wypuszczeniem na rynek grę komputerową wkrada się niepokojący błąd. Nagle w grze pojawia się urodziwa i niezniszczalna superkobieta, która bez wahania wykańcza przeciwników. Problem jednak, że nie umierają jedynie w świecie wirtualnym, a ich doznane w grze obrażenia są prawdziwe. Samotni Strzelcy, którzy brali udział w pracach nad projektem, zwracają się o pomoc do Komórki X. Kiedy Mulder zostaje uwięziony w wirtualnym świecie, Scully wypowiada wojnę niebezpiecznej wersji Lary Croft.
Złodziej
March 12, 2000
Za pomocą ludowej magii pewien mężczyzna mści się na lekarzu, którego uważa za sprawcę śmierci swojej córki. Chce go ukarać, ściągając na rodzinę obiektu swojej nienawiści rzadko spotykane i trudne do wyleczenia choroby.
Przyjaciel
March 19, 2000
Scully jest zaintrygowana cudownym ozdrowieniem chłopca chorego na raka, którego rodzice nie wierzyli w terapie medyczne, gdyż są one wbrew woli Boga. Wkrótce odkrywa, że jego wyzdrowienie nie jest cudowne i można je wyjaśnić naukowo. Chętna, ale ostrożna, aby odkryć skrywane przez niego sekrety, Scully zgadza się na podróż z Palaczem, aby pokonać wszystkie choroby ludzkości.
Chimera
April 2, 2000
W tym odcinku agenci rozdzielają się, prowadząc osobne śledztwa. Scully spędza czas na nudnych obserwacjach w nieogrzewanym budynku, marząc o solidnej kąpieli i ciepłym łóżku, Mulder zaś bada sprawę brutalnych morderstw, które poprzedza pojawienie się kruka. Kluczem do rozwiązania zagadki mogą być prywatne tajemnice miejscowego szeryfa.
Wszystkie sprawy
April 9, 2000
Refleksyjny odcinek, którego główną bohaterką jest Scully. Przypadkowe spotkanie z mężczyzną, który był jej wykładowcą, z którym łączyło ją wielkie uczucie i od którego uciekając zrezygnowała z praktyki medycznej na rzecz FBI, staje się dla agentki przyczynkiem do rozważań nad zasadnością jej życiowych wyborów i słusznością ścieżki, którą ostatecznie wybrała. Odcinek w reżyserii Gillian Anderson.
Marka X
April 16, 2000
Były pracownik koncernu tytoniowego Morley umiera dramatyczną śmiercią tuż przed złożeniem obciążających firmę zeznań. Początkowe podejrzenia, iż został zamordowany, okazują się być bezpodstawne, gdy pojawiają się kolejne ofiary. Przyczyną może być genetycznie zmutowany owad, żerujący na tytoniu – świdrzyk tytoniowec, którego larwy przedostają się do układu oddechowego wraz z dymem papierosowym. Wśród śmiertelnie zagrożonych niespodziewanie znajduje się także Mulder. Przełamanie zmowy milczenia w koncernie Morleya to jedyny sposób, by go ocalić.
Hollywood naszej ery
April 30, 2000
Oddelegowani do zbadania sprawy dewastacji i podłożenia ładunku wybuchowego w podziemiach kościoła, znajdującego się we władaniu jednego z najbardziej wpływowych kardynałów, Mulder i Scully znoszą przy sobie irytującą obecność scenarzysty z Hollywood. Scenarzysta, kolega Skinnera z jednego roku, planuje nakręcić film o FBI. Bohaterami stają się agenci Archiwum X, jednak mają problem z rozpoznaniem siebie w postaciach z ekranu. Filmową Scully zagrała Téa Leoni – prywatnie żona Davida Duchovnego, który wyreżyserował ten odcinek.
Klub walki
May 7, 2000
Dwie identycznie wyglądające kobiety zdają się być połączone dziwnym polem siłowym. Jeśli znajdą się w swoim sąsiedztwie, wokół wybucha prawdziwe pandemonium: bójki, wybuchy i wypadki. Prawdziwy problem pojawi się jednak, kiedy obie pokochają tego samego mężczyznę.
Życzę sobie
May 14, 2000
W opuszczonym magazynie spoczywa wiekowy dywan, a w nim zawinięty jest najprawdziwszy dżin. Dżin ten – a właściwie ta, bo to kobieta – ma zdolność spełniania wszelkiego rodzaju życzeń osoby, która ją odwinie z dywanu. Lata obcowania z ludzką chciwością i egoizmem pozbawiły jednak dżina wszelkich złudzeń co do natury człowieka.
Requiem
May 21, 2000
W Oregonie, gdzie miało miejsce pierwsze śledztwo Archiwum X, dochodzi do tajemniczego zniknięcia posterunkowego. Mulder i Scully podejrzewają, że rozbił się tam statek kosmiczny. Tymczasem umierający Palacz, na nowo współpracuje z Maritą Covarrubias i Alexem Krycekiem. Agenci FBI dowiadują się, że, za zniknięcia, odpowiadają Łowcy. Mulder znika, dobrowolnie wchodząc na pokład statku kosmicznego, czego świadkiem jest Skinner. Scully odkrywa, że – wbrew wszelkim prawom logiki – jest w ciąży. Krycek zabija Palacza, spychając jego wózek inwalidzki ze schodów.
