Temporada 7
November 7, 1999
Enquanto Mulder está em uma unidade neurológica, seu cérebro sob ataque de um ataque mortal de impulsos elétricos, Scully luta para decifrar símbolos estranhos cobrindo uma nave espacial encontrada submersa na Costa do Marfim da África Ocidental. Mas a conexão entre esses dois fenômenos é apenas o primeiro de muitos desafios que os agentes estão destinados a enfrentar. Pois eles estão prestes a entrar em um momento de encerramento e um momento de novos começos. Para Mulder, há a morte de sua mãe e Diana Fowley, e o fim de sua busca por sua irmã sequestrada, Samantha. Para Scully, é um momento de enfrentar seus próprios demônios pessoais, entre eles o retorno do fetichista da morte Donnie Pfaster. No entanto, assim como Scully enfrenta o novo começo definitivo, o horror final ocorre — o sequestro de Mulder.
22 Episódios
Episódios
A Sexta Extinção
November 7, 1999
Enquanto Scully viaja para a África para decifrar o significado dos símbolos na nave espacial encalhada na Costa do Marfim, Mulder é mantido prisioneiro por sua própria atividade cerebral frenética. Ele consegue enviar uma mensagem para Skinner, que localiza Kritschgau, e juntos eles tentam entender o que está acontecendo com Mulder antes que seja tarde demais.
A Sexta Extinção 2: Amor ao Destino
November 14, 1999
Scully busca desesperadamente uma maneira de ajudar seu parceiro debilitado sem ter a quem recorrer, enquanto os sonhos de um Mulder catatônico o afastam de sua missão e do Arquivo X para um lugar onde ele acredita ter uma vida melhor.
Faminto
November 21, 1999
Um monstro que se alimenta de matéria cerebral humana tenta levar uma vida normal, mas logo descobre que não consegue controlar seus impulsos de fome.
Millennium
November 28, 1999
Com a aproximação do ano 2000, os agentes enfrentam um homem do Grupo Millennium que acredita poder provocar o fim do mundo em 31 de dezembro se ressuscitar quatro antigos membros falecidos. Para entender melhor o grupo e suas práticas, Mulder e Scully recrutam o profiler criminal Frank Black para auxiliá-los na investigação.
Pressa
December 5, 1999
Um jovem que adquiriu a habilidade de se mover mais rápido do que o olho humano pode ver começa a usar seu novo poder para assassinar seus inimigos, incluindo o xerife local, que por acaso é seu pai.
A Variação Goldberg
December 12, 1999
Mulder e Scully são pegos em uma máquina de Rube Goldberg da vida real quando conhecem Henry Weems, que pode ser o homem mais sortudo da Terra — exceto pelo fato de que ninguém ao seu redor parece ter a mesma sorte.
Oração
January 9, 2000
O reverendo Orison espera salvar a alma de Donnie Pfaster ajudando-o a fugir da prisão, mas Donnie planeja imediatamente ir atrás da vítima que outrora escapou dele... Scully.
O Incrível Maleeni
January 16, 2000
Quando um mágico de pequeno porte realiza um truque onde parece girar sua cabeça completamente, mas depois é encontrado morto em sua van com a cabeça limpamente serrada, Mulder e Scully suspeitam de homicídio e se veem envolvidos em um plano intrincado elaborado por dois ilusionistas para assaltar um banco.
Sinais & Maravilhas
January 23, 2000
Cobras estão matando os injustos, mas Mulder e Scully duvidam que este seja um caso de intervenção divina.
Em Ser e Tempo
February 6, 2000
Uma jovem desaparece inexplicavelmente de sua casa e Mulder solicita o caso, embora seja uma questão de competência total do FBI, e não apenas um Arquivo X. Quando Mulder toma atitudes extremas para convencer os pais da garota de que ela será encontrada, Scully teme que ele esteja se envolvendo pessoalmente demais devido ao rapto de sua própria irmã.
Fecho
February 13, 2000
Após a prisão do assassino de Amber-Lynn LaPierre e a descoberta de uma vala comum contendo os corpos de dezenas de crianças desaparecidas, um homem procura Mulder alegando ter visões de outras vítimas que não estão enterradas no local. Apesar das objeções de Scully, ele leva Mulder em uma jornada que revela o que realmente aconteceu com sua irmã.
Polícias X
February 20, 2000
Um policial de Los Angeles que está sendo filmado para o programa 'COPS' é atacado por um monstro estranho, e Mulder e Scully são chamados para investigar o caso. Scully fica receosa de ter seus rostos exibidos em rede nacional, mas Mulder vê a publicidade com bons olhos.
Tiro em Primeira Pessoa
February 27, 2000
Os Pistoleiros Solitários chamam Mulder e Scully a um laboratório de desenvolvimento de realidade virtual, onde descobrem que um dos testadores do programa foi morto dentro do ambiente gerado por computador pela imagem digital de uma mulher. Buscando um momento de pura diversão e adrenalina, Mulder entra no jogo para combater a mulher, mas Scully precisa intervir para salvá-lo.
Theef
March 12, 2000
Mulder e Scully suspeitam que feitiçaria seja a origem das ameaças contra a família de um médico.
En Ami
March 19, 2000
O Homem Fumante oferece mostrar a Scully a cura para todas as doenças se ela viajar com ele, mas com uma condição: Mulder não pode saber sobre a viagem.
Quimera
April 2, 2000
Enquanto Mulder investiga um caso de pessoa desaparecida que tem como elemento principal um corvo ameaçador, ele aprende a desfrutar do conforto de um lar bem cuidado, enquanto Scully precisa aguentar firme em uma desconfortável tocaia.
Todas as Coisas
April 9, 2000
Uma série de coincidências leva Scully a um homem casado com quem ela teve um caso durante a faculdade de medicina, mas a quem deixou para proteger a família dele.
Marca X
April 16, 2000
Ao proteger um homem que deve testemunhar contra a empresa de cigarros Morley, Skinner fica horrorizado quando a testemunha morre misteriosamente. O que os agentes logo descobrem é que uma nova marca de cigarros esconde um segredo perigoso.
Hollywood A.D.
April 30, 2000
Mulder e Scully assistem a um filme onde eles próprios são personagens e ficam profundamente desgostosos com a forma como eles e seu caso são retratados na tela grande. Eles relembram como, 18 meses antes, foram seguidos por um produtor de Hollywood enquanto investigavam um caso sobre 'A Bacia de Lázaro' — uma peça mítica de cerâmica que supostamente traz inscritas as palavras ditas por Jesus Cristo quando ressuscitou Lázaro dos mortos.
Clube da Luta
May 7, 2000
Mulder e Scully cruzam o caminho de duas mulheres idênticas que se seguiram por 17 estados nos últimos três anos, causando caos e destruição por onde passam.
Eu Desejo
May 14, 2000
Mulder e Scully descobrem um gênio em um tapete que, após 500 anos concedendo desejos, chegou à conclusão de que as pessoas continuam tão gananciosas e egocêntricas como sempre foram, começando a corromper os desejos que concede se eles não forem específicos o bastante.
Réquiem
May 21, 2000
Mulder e Scully retornam à cidade de sua primeira investigação do Arquivo X, onde um OVNI caiu na floresta. O Homem Fumante organiza a libertação de Krycek da prisão para que ele faça contato com os alienígenas e recomece a reconstrução do 'Projeto', enquanto a saúde de Scully parece sofrer uma reviravolta.
