Temporada 1
November 4, 2000
A primeira temporada é a fase introdutória da série animada, onde os primeiros X-Men formadores do Instituto Xavier, Tempestade e Jean Grey, recrutam novos integrantes: Noturno, Lince Negra, Spyke e Vampira. Noturno descobre a verdade sobre sua mãe, Wolverine encontra respostas sobre seu passado, Vampira passa da Irmandade de Mutantes para os X-Men, as lutas constantes entre Wolverine e Dentes-de-Sabre se tornam freqüentes e o irmão de Xavier, Fanático, é solto da prisão.
13 Episódios
Episódios
A Estratégia X
November 4, 2000
Ciclope tem problemas ao controlar seu poder. Noturno é recrutado. Ao saber que Xavier deseja recrutar Groxo, Mística, disfarçada de diretora da escola, tenta usar ele para espionar os X-Men.
O Impulso X
November 11, 2000
Kitty descobre seus poderes. Wolverine diz que não precisa de ajuda quando Ciclope e Noturno o ajudam a derrotar Dentes de Sabre.
A Recruta Vampira
November 18, 2000
Neste episódio, Vampira descobre seus poderes numa festa e sai confusa por causa da interferência de Mística.
O Mutante Esmagador
November 25, 2000
Jean e Logan vão assistir Fred, um mutante que é mais forte que todo mundo, numa apresentação de força, mas Mística matricula ele no colégio e quer recrutá-lo para sua Irmandade de Mutantes.
Velocidade e Spyke
December 9, 2000
Evan Daniels (Spyke) descobre seus poderes no meio de um jogo de basquete, e sua tia Ororo, a Tempestade, tenta convencê-lo a juntar-se aos X-Men.
Universo do Meio
January 27, 2001
Noturno, depois de brigar com Scott, se teletransporta para um antigo laboratório.
A virada da Vampira
February 3, 2001
Num passeio da escola, Vampira e Scott são atacados por Mistica e Vampira acaba absorvendo seus pensamentos.
A Câmera Spyke
February 10, 2001
Para recuperar a sua nota baixa no colégio, Spyke tem que fazer um vídeo e acaba, sem querer, dando a localização do instituto para o Dentes-de-Sabre.
A Sobrevivência dos Mais Aptos
March 3, 2001
Os X-Men vão para um campo de sobrevivência, enquanto isso Mística liberta Juggernaut e ele acaba botando ela e o Professor Xavier em perigo.
Passado Sombrio
March 31, 2001
Como recentemente absorveu os poderes de Mística, Vampira tem sonhos de quando a mutante foi obrigada a jogar seu filho no rio.
Lembrete Implacável
April 14, 2001
Wolverine está perturbado desde que viu uma notícia do monte Makenna e vai até lá com Kitty e Noturno.
O Caldeirão – Parte 1
May 5, 2001
Scott descobre que o seu irmão, Alex, está vivo. Magneto sequestra o professor e o leva para o Asteróide M e convence Scott e Alex a irem também.
O Caldeirão – Parte 2
May 12, 2001
Magneto captura os mutantes mais poderosos da Irmandade e dos X-Men para amplificar seu poder e remover as emoções, numa tentativa de "salvar" a espécie mutante de possíveis confrontos futuros com a humanidade.
