Temporada 2
August 30, 2006
A segunda temporada começa com um assassinato que aponta para o pai desaparecido de Brennan e com o fato de que a equipe forense do Jeffersonian ganhou uma nova chefe, Camille Saroyan. Durante a temporada, Brennan, junto com seus amigos do Jeffersonian, descobrem que seus pais eram assaltantes de bancos famosos e o pai de Brennan é preso. No início, Brennan é hostil com seu pai, mas recupera a amizade com ele e com seu irmão, Russ. Nesta temporada, são encontrados restos mortais de duas crianças que haviam sido enterradas vivas. Conforme as investigações ocorrem, descobre-se que o assassino é um serial killer que se auto-denomina O Coveiro, cujo Modus Operandi consiste em enterrar as vítimas vivas e exigir por uma quantia altíssima em dinheiro (caso seja paga, O Coveiro dá a localização do local onde a pessoa está enterrada, caso contrário, a pessoa nunca será achada e morrerá). Brennan e Hodgins são sequestrados e por pouco não morrem, pois conseguem escapar, mas não sem traumas, já que Hodgins tem sua perna ferida, devido ao Coveiro o atropelar quando ele vê Brennan no chão ao pé do seu carro e corre para ela. O caso do Coveiro começa a ser analisado pela promotora Heather Taffet. Nesta temporada, Angela e Hodgins iniciam um namoro.
21 Episódios
Episódios
The Titan on the Tracks
August 30, 2006
Brennan é convocada para trabalhar no descarrilhamento de um trem e descobre que tem um novo chefe. O trem com um popular senador saiu dos trilhos depois de bater em um carro que estava no caminho. Brennan investiga porque o corpo de um homem rico foi colocado dentro do carro e continua tentando encontrar seu pai.
Mother and Child in the Bay
September 6, 2006
Booth e Brennan examinam os restos de uma mulher e de um feto encontrados na Baía Delaware. O corpo é de uma mulher grávida e recém-casada cujo desaparecimento misterioso um ano antes foi destaque na imprensa nacional. O marido da vítima é o principal suspeito do caso, mas ele desaparece antes que Brennan e Booth consigam interrogá-lo, o que leva o agente a acionar uma verdadeira caçada humana. Booth fica aborrecido por sua ex-namorada permitir que o filho deles saia com o novo namorado dela.
The Boy in the Shroud
September 13, 2006
O corpo de uma rapaz que está desaparecido há quase três semanas é encontrado em um caminhão de lixo. Os investigadores revelam que a principal suspeita do crime é uma jovem criada por pais adotivos. Brennan fica deprimida pela rapidez como a equipe culpa a jovem, pois ela também foi órfã. A tensão entre Cam e Brennan continua aumentando.
The Blonde in the Game
September 20, 2006
Os restos mortais de uma jovem são encontrados. Booth e Brennan se deparam com um caso atípico pois o crime os leva a um assassino serial que está no corredor da morte. Quando outra morte vem à tona, Brennan e sua equipe precisam decifrar as pistas para encontrar o cúmplice do assassino serial antes que ele ataque novamente.
The Truth in the Lye
September 27, 2006
Um homem é encontrado morto em uma banheira cheia de substâncias químicas. Booth e Brennan entram em ação e investigam duas pessoas suspeitas de terem cometido o crime. Em pouco tempo, eles também descobrem que a vítima tinha duas esposas e uma namorada.
The Girl in Suite 2103
October 4, 2006
Booth e Brennan investigam a morte de uma pessoa em uma explosão em um hotel em Miami.
The Girl with the Curl
November 1, 2006
Booth e Brennan investigam a morte de uma garota de 10 anos que participava de concursos de beleza. Os competitivos pais e irmãos da menina logo se tornam possíveis suspeitos. Brennan comete um grande erro quando tenta descobrir informações sobre o assassino em uma aula de sapateado. Enquanto isso, Hodgins e Angela saem juntos e tudo corre bem, contrariando o que todos previam.
The Woman in the Sand
November 8, 2006
O corpo de um promotor federal que desapareceu há cinco anos é encontrado em um deserto perto de Las Vegas. Os investigadores logo suspeitam que o crime tenha sido cometido pela máfia. Em seguida, eles encontram o corpo de uma mulher a alguns metros dali e acreditam que ela foi assassinada pela mesma pessoa.Os ferimentos no cadáver da mulher levam Brennan a crer que ela tenha tido um longo histórico de violência doméstica. Quando o marido da vítima nega ter machucado a esposa, eles investigam um agiota de Las Vegas e se infiltram no mundo dos jogos e no submundo das lutas de vale-tudo. Na tentativa de desvendar o mistério, Booth arrisca a própria vida.
Aliens in a Spaceship
November 15, 2006
Os corpos de dois adolescentes gêmeos que foram seqüestrados cinco anos antes são encontrados. Booth e Brennan seguem o rastro de um famoso assassino serial conhecido como Cavador de Túmulos, que costuma raptar a vítima, enterrá-la e depois pedir o resgate. Se o dinheiro não for entregue, ele simplesmente deixa a pessoa morrer sufocada. Durante a investigação, Brennan e uma colega de trabalho se tornam vítimas do assassino. A partir daí, elas são forçadas a resolver seu próprio seqüestro dentro de uma sepultura.
The Headless Witch in the Woods
November 29, 2006
Enquanto investiga a morte de um estudante de cinema que estava produzindo um documentário sobre a lenda de uma bruxa sem cabeça que assombrava uma floresta no início do século XVIII, Brennan cria fortes laços com o irmão da vítima. Booth e Brennan conversam sobre o fato de misturarem trabalho e vida pessoal.
Judas on a Pole
December 13, 2006
Booth e Brennan são chamados a um edifício do governo federal em cujo telhado foi encontrado o corpo de um homem estripado, queimado e pendurado como um espantalho. Booth descobre que a vítima estava trabalhando para o crime organizado. O irmão de Brennan, Russ, comenta com ela que recebeu um telefona do pai alertando que ambos estão em perigo. Pouco depois um padre entra em contato com Brennan e diz que o pai dela insiste que Brennan e Booth larguem o caso. Os investigadores descobrem que a vítima era um ex-agente do FBI que estava atrás de Russ para matá-lo. Quanto mais se aprofundam no caso, mais eles se surpreendem. Por fim, uma chocante descoberta pode trazer sérios problemas para Booth e sua carreira. Enquanto isso, Zack defende sua tese de doutorado e conta com a ajuda de uma pessoa do trabalho.
The Man in the Cell
January 31, 2007
Booth e Brennan investigam a morte de um condenado que morreu queimado na cela de Howard Epps, um assassino serial que eles já tiveram contato anteriormente. Epps também mata um guarda e em seguida foge, ameaçando o restante da equipe, incluindo o filho de Booth.
The Girl in the Gator
February 7, 2007
Brennan precisa trabalhar com outro agente, Sullivan, enquanto Booth vai a um terapeuta. Ela investiga a morte de uma caloura de uma faculdade cujo corpo foi encontrado no estômago de um crocodilo. Sullivan chama Brennan pra sair.
The Man in the Mansion
February 14, 2007
Booth e Brennan investigam a morte de Terence Bancroft, um dos maiores doadores da fundação Jeffersonian, encontrado morto em sua casa. Hodgins compromete o caso e a reputação do laboratório quando mexe nas evidências. Brennan precisa tomar uma importante medida sobre a equipe.
Bodies in the Book
March 14, 2007
A vida imita a arte quando três assassinatos ocorrem exatamente como narrados no último livro de Brennan. E o protecionismo de Sully em relação a Brennan abala o relacionamento dos dois e ela resolve recuar.
The Boneless Bride in the River
March 21, 2007
Booth interrompe as férias de Brennan com Sully a todo momento a fim de obter ajuda no caso de uma mulher que foi encontrada morta e sem ossos em um rio. Sully pede para Brennan fugir com ele.
The Priest in the Churchyard
March 28, 2007
O rompimento de um cano de água central em um cemitério histório revela um assassinato recente. Constantes discussões levam Booth a sugerir que ele e Brennan procurem um terapeuta para acertarem os ponteiros.
The Killer in the Concrete
April 4, 2007
Quando Booth é seqüestrado por um mafioso ao investigar um assassinato, Brennan recebe ajuda de uma fonte improvável e nada bem-vinda: seu pai.
Spaceman in a Crater
May 2, 2007
Quando partes de um corpo que caíram do céu demonstram sinais de terem ficado no espaço por um período de tempo substancial, a equipe de Brennan surge com várias teorias conspiratórias envolvendo alienígenas e segredos do governo. Hodgins pede Angela em casamento.
The Glowing Bones in the Old Stone House
May 9, 2007
Brennan e Booth investigam um aparente protesto antiguerra envolvendo os restos carbonizados de um corpo deixado no túmulo de um soldado morto no Iraque.
Stargazer in a Puddle
May 16, 2007
O esqueleto de uma jovem é encontrado em um carrinho de compras, mas devido a uma doença de envelhecimento, Angela a reconstrói como uma mulher de 80 anos. Booth e Brennan investigam e chegam a pessoa responsável por cuidar da vítima. O pai de Brennan reaparece com informações sobre o seu passado.