Episódios
O início
July 15, 2004
Episódio duplo. No episódio de estreia da série, um novo grupo de exploradores se aventuram na cidade perdida de Atlantis. Presos numa nova galáxia e sem a possibilidade de voltar a Terra, o grupo se depara com um poderoso inimigo.
O início, parte 2
July 15, 2004
Continuação da primeira parte.
Esconde-esconde
July 23, 2004
Atlantis é ameaçada quando uma entidade alienígena é libertada por engano. As experiências de McKay com tecnologia alienígena não trazem bons resultados.
38 minutos
July 30, 2004
Um grupo no Saltador de Poças ficam presos num portal. O problema pode ser fatal se eles não agirem rápido.
Suspeita
August 6, 2004
Como os Wraith continuam atormentando as missões de Sheppard, Weir começa a desconfiar que existe um espião duplo agindo entre eles.
Fim da infância
August 13, 2004
Sheppard e seu grupo chegam a um planeta totalmente habitado por crianças. Elas acreditam que sua religião conseguiu manter os Wraith afastados por quinhentos anos.
Envenenando o poço
August 20, 2004
A equipe Atlantis encontra uma civilização humana que pode ter desenvolvido uma arma formidável contra os Wraith.
Subterrâneo
August 27, 2004
Teyla apresenta a equipe Atlantis aos Genii, um simples grupo de fazendeiros que escondem um segredo perigoso.
Casa
September 10, 2004
A equipe Atlantis encontra um caminho de volta à Terra, mas logo descobre que poderá não conseguir retornar a Atlantis.
A tempestade
September 17, 2004
Uma grande tempestade ameaça destruir a cidade. Enquanto isso, a equipe Atlantis enfrenta a ameaça dos Genii.
O olho
November 8, 2004
O major Sheppard faz um perigoso jogo de Gato e Rato com soldados que assumiram o controle de Atlantis e estão fazendo Weir e McKay reféns.
O rebelde
November 15, 2004
A equipe de Sheppard investiga uma nave abatida dos Wraith e acabam ficando presos em um planeta juntamente com um sobrevivente da raça Wraith.
O vírus
November 22, 2004
Vários moradores de Atlantis são infectados por um vírus mortal. Com isso, os governantes são forçados a isolar a cidade.
Santuário
November 29, 2004
A equipe encontra um mundo que seria o local ideal para aqueles que fogem dos Wraith. No entanto, os habitantes deste paraíso acreditam que seu Deus não permitirá que isso aconteça.
Antes de eu dormir
December 6, 2004
episode>15</episode> <plot>Uma mulher é encontrada em animação suspensa em Atlantis. A equipe fica chocada ao constatar tratar-se da Dra. Weir, que conta ao grupo sobre sua viagem de 10 mil anos ao passado da cidade.
A irmandade
January 3, 2005
A equipe parte em busca de um valioso equipamento que supostamente está escondido no planeta Dagan. No entanto, seus novos aliados têm suas próprias razões para apanhar o objeto.
Cartas de Pegasus
January 10, 2005
Os integrantes da expedição Atlantis encontram uma brecha para enviar transmissões a Terra e gravam mensagens em vídeo para seus entes queridos.
O Dom
January 17, 2005
Quando pesadelos terríveis sobre os wraiths atormentam Teyla, ela vai se aconselhar com o psicólogo da cidade e descobre que ela pode "sentir" os wraiths. Determinada a descobrir mais sobre essa sua característica, ela lidera uma pequena equipe em missão a um planeta no qual as vítimas dos wraiths retornam "miraculosamente". Lá, eles descobrem o que parece ser um laboratório de estudos genéticos. Será que a ligação de Teyla com os wraiths é resultado de experiências genéticas?
O cerco
January 24, 2005
Um esquadrão Wraith está a caminho de Atlantis. A equipe procura um lugar para escapar e uma maneira de destruir a cidade. Mckay lidera uma equipe para tentar ativar a plataforma orbital de armas dos Antigos.
O cerco, parte 2
January 31, 2005
Um novo contingente militar da Terra é enviado para assumir o comando de Atlantis e defende-la de um iminente ataque dos Wraith.