ตอน
การสูญพันธุ์ครั้งใหญ่ครั้งที่หก ตอนที่ 1
November 7, 1999
สกัลลี่พยายามแกะรหัสสัญลักษณ์แปลกประหลาดบนยานอวกาศที่จมอยู่ในหาดทราย โดยหวังว่าจะเจอวิธีรักษาอาการป่วยของมัลเดอร์
การสูญพันธุ์ครั้งใหญ่ครั้งที่หก ตอนที่ 2: ความรักในโชคชะตา
November 14, 1999
สกัลลี่ออกตามหามัลเดอร์หลังจากสิงห์อมควันพาตัวเขาไปจากโรงพยาบาลโดยไม่ทราบเหตุผล
หิว
November 21, 1999
ทีมเจ้าหน้าที่พยายามเชื่อมโยงคดีฆาตกรรมสุดโหดเหี้ยมกับพนักงานร้านอาหารฟาสต์ฟู้ดที่มีพฤติกรรมการกินสุดพิสดาร
มิลเลนเนียม
November 28, 1999
เมื่อปี 2000 ใกล้เข้ามา ทีมเจ้าหน้าที่ออกตามหาแฟรงก์ แบล็กอดีตสมาชิกของกลุ่มมิลเลนเนียมกรุ๊ป เมื่อเพื่อนของเขาบางคนกลายเป็นศพตายเดินได้
เร่ง
December 5, 1999
ทีมเจ้าหน้าที่เผชิญหน้ากับกลุ่มวัยรุ่นที่เคลื่อนที่ได้ไวเกินตาเห็น
โกลด์เบิร์กดัดแปลง
December 12, 1999
ทีมเจ้าหน้าที่ได้เจอกับผู้ชายคนหนึ่งที่อาจจะเป็นคนที่โชคดีที่สุดในโลกก็ว่าได้
ออริสัน
January 9, 2000
บาทหลวงคนหนึ่งได้ช่วยนักโทษผู้หมกมุ่นกับความตายที่เคยคุกคามสกัลลี่ให้แหกคุกออกมา
มาลีนี่พิศวง
January 16, 2000
ทีมเจ้าหน้าที่พยายามไขปริศนาเกี่ยวกับนักมายากลหัวขาดคนหนึ่ง
สัญญาณและความอัศจรรย์
January 23, 2000
ทีมเจ้าหน้าที่ลงมือสืบสวนเมื่อผู้ชายคนหนึ่งเสียชีวิตหลังจากโดนงูกัดหลายครั้ง เขาเกี่ยวข้องกับโบสถ์แห่งหนึ่งที่ใช้งูพิษในการทดสอบความดีงามของสมาชิก
การมีอยู่และเวลา
February 6, 2000
มัลเดอร์เจอกับความสูญเสียที่น่าเศร้าเกี่ยวกับชีวิตส่วนตัวในขณะที่เขาสืบสวนการหายตัวไปของเด็กสาวคนหนึ่ง
บทสรุป
February 13, 2000
มัลเดอร์ตามหาน้องสาวที่หายตัวไปของเขาด้วยความช่วยเหลือจากตำรวจพลังจิตหยั่งรู้
เอ็กซ์คอปส์
February 20, 2000
ทีมถ่ายทำรายการโทรทัศน์ชื่อคอปส์ติดตามทีมเจ้าหน้าที่ในขณะที่พวกเขาพยายามจับสัตว์ประหลาดปริศนาที่ออกมาคุกคามลอสแอนเจลิส
เกมยิงมุมมองบุคคลที่หนึ่ง
February 27, 2000
ทีมเจ้าหน้าที่ติดอยู่ในเกมคอมพิวเตอร์ที่ถูกควบคุมโดยตัวละครสุดเซ็กซี่และอันตรายอย่างยิ่งยวด
หัวขโมย
March 12, 2000
เมื่อครอบครัวของแพทย์คนหนึ่งล้มป่วยเป็นโรคหายาก มัลเดอร์จึงสงสัยว่าอาจเป็นฝีมือคนที่รู้วิธีใช้คำสาป
ในฐานะเพื่อน
March 19, 2000
สกัลลี่ตามสิงห์อมควันไปเจอกับนักวิทยาศาสตร์คนหนึ่งที่มียารักษาโรคมะเร็ง
ไคมีรา
April 2, 2000
ช่วงวันเทศกาลอีสเตอร์ มัลเดอร์สืบสวนการตายปริศนาหลายคดีที่เกี่ยวกับการปรากฏตัวของอีกา กระจกแตก และสัตว์ประหลาดกระหายเลือดตัวหนึ่ง
ทุกสิ่ง
April 9, 2000
สกัลลี่ยอมใช้วิธีการรักษาแนวใหม่เพื่อช่วยชีวิตคนรักเก่า
แบรนด์เอ็กซ์
April 16, 2000
มัลเดอร์ตกเป็นเหยื่อของแมลงสุดอันตรายที่เกี่ยวข้องกับห้องวิจัยของบริษัทยาสูบ
ยุคฮอลลีวูด
April 30, 2000
นักเขียนบทคนหนึ่งได้ติดตามทีมเจ้าหน้าที่ไปในขณะที่พวกเขากำลังสืบสวนการวางระเบิดโบสถ์ ซึ่งคดีนี้ได้กลายเป็นภาพยนตร์ฮอลลีวูดในภายหลัง
คลับนักสู้
May 7, 2000
ทีมเจ้าหน้าที่ตามหาผู้หญิงสองคนที่มีหน้าตาคล้ายกันราวกับแกะ ซึ่งไม่ว่าพวกเธอจะไปที่ใดก็ทำให้เกิดความพังพินาศอยู่เสมอ
คำอธิษฐาน
May 14, 2000
ชายไร้ปากและศพล่องหนได้นำเจ้าหน้าที่ไปสู่ยักษ์จีนี่ที่ให้มัลเดอร์ขอพรได้สามข้อ
เพลงสวดศพ
May 21, 2000
ในขณะที่ผู้ตรวจสอบขู่จะปิดหน่วยงานเอ็กซ์ไฟลส์ มัลเดอร์และสกัลลี่ที่กำลังอ่อนแรงถูกเรียกตัวไปดูคดีเก่าที่ทำให้ทั้งสองได้ร่วมทีมกัน แต่พวกเขาอาจห่างกันมากขึ้นด้วยฝีมือนักเลียนแบบและเหตุการณ์ลักพาตัว
