集
神龟在太空 (一)富基托德
November 8, 2003
海龟们被带到太空中到达 D'Hoonnib 星球 - 并正处于警方逮捕的中间！ 他们与霍尼卡特教授（别名“逃亡者”）成为朋友，后者正在被布兰克将军的军队追捕。将军想要霍尼卡特的传送装置，这也许是海龟再次到达地球的唯一途径......
神龟在太空 (二)泰瑟兰盾的麻烦
November 15, 2003
海龟和 Fugitoid 仍然被困在 D'Hoonnib 上，他们参观了一家破旧的夜总会，试图找到离开地球的交通工具。但布兰克将军拦截了他们，在随后的战斗中，Fugitoid 被另一方对传送装置感兴趣的一方俘虏......
神龟在太空 (三)大房间
November 22, 2003
被三角龙俘虏的海龟被用来说服 Fugitoid 使用他的传送装置。海龟们被困在牢房里，策划了一个逃跑计划。但它会奏效吗？他们能及时到达 Fugitoid 吗？
神龟在太空 (四)竞技场
November 29, 2003
海龟队被带到三项运动竞技场，在那里他们被选为角斗士。对于三角龙的人群来说，获得胜利的唯一方法就是毫不留情......
神龟在太空 (五)泰瑟兰盾之战
December 6, 2003
三角龙确实与布兰克将军的军队作战，在混乱中，让海龟抓住了三角龙总理领袖作为他们的人质。他们准备使用 Fugitoid 的传送器回家，但只有一个问题：他从未测试过它
神秘的起源(上)
January 17, 2004
海龟们到达 TCRI 内部，并与 Splinter 重聚。他们还发现自己面对的是老鬼，他们的起源终于向他们揭晓了......
神秘的起源(中)
January 24, 2004
海龟和斯普林特使用虚拟现实技术来了解乌特罗姆在地球上的存在和目的，但一个相信死者的宿敌回来了，让旅程变得非常真实......
神秘的起源(下)
January 31, 2004
海龟和斯普林特逃离了 Utrom 的虚拟现实设备，但现在他们必须在 TCRI 被摧毁之前逃离它。但是他们唯一的出路被一个小障碍阻碍了：碎纸机和脚！
反省
February 7, 2004
来自银河系的战士终极忍者前来夺取碎纸机的头颅——却发现莱昂纳多已经做了这件事。所以现在终极忍者在一场殊死之战中挑战莱昂纳多......
终极忍者
February 14, 2004
海龟们撤退到凯西·琼恩祖母的农舍，反思他们最近的战斗。但碎纸机的身影仍然萦绕在他们的每一个记忆中。碎纸机与海龟起源有什么联系？
纳米的回归
February 21, 2004
当纳诺回来向海龟报仇时，四兄弟必须阻止他的横冲直撞。但当纳米将他的“父亲”从监狱里救出来时，这变得更加困难......
皮头鳄
February 28, 2004
海龟们即将发现，改变他们的诱变剂也对其他生物产生了影响。他们现在必须保卫自己的领地免受阴险的短吻鳄莱瑟黑德的横冲直撞......
回到地下
March 6, 2004
海龟们回到了地下城市，但他们发现这座城市现在已经被遗弃了，它的水晶月亮能源不见了，人类人口变成了怪物。多纳泰罗制造的不稳定血清能否使人类恢复正常？
城市战争(上)
March 13, 2004
碎纸机犯罪帝国的崩溃意味着这座城市对最邪恶的帮派开放，可以夺取自己的控制权。纽约陷入混乱和无政府状态，只有海龟才能维持秩序..或者他们可以吗？
城市战争(中)
March 20, 2004
海龟们陷入了一场争夺这座城市的权力斗争：The Foot、Purple Dragons 和 Mob，都想分一杯羹。男孩们能够将这座城市从无政府状态中拯救出来吗？这首先是他们的问题吗？
城市战争(下)
March 27, 2004
随着脚、紫龙和暴徒变得超出海龟的承受能力，忍者神龟不情愿地寻求碎纸机的老将军卡莱的帮助。
垃圾兰蒂斯
April 3, 2004
在测试他们的新壳潜艇时，海龟们发现他们的宿敌垃圾人正在建造自己的水下城市，他们被迫下沉或游泳。
金球
April 10, 2004
凯西·琼斯加入超级大满贯曲棍球运动。然而，当一个传奇的 17 世纪金冰球被骗子拿走时，它就变成了个人的。海龟队能否让凯西排队足够长的时间来找到冰球，还是超级大满贯曲棍球的硬核规则会首先影响他们？
房间里的流氓(上)
April 17, 2004
碎纸机部署了一支步兵机甲军队和一个半机械人复制品的分裂来对抗海龟。
房间里的流氓(下)
April 24, 2004
碎纸机的步兵机甲军队与海龟对峙，但即使他们击败了这支军队，他们能阻止碎纸机吗？一个名叫佐格的三角龙战士如何融入这一切？
爱普莉尔的艺术品
May 1, 2004
海龟们帮助艾普丽尔解开了她父亲留下的一个古老拼图立方体的秘密。谜题的解开让艾普丽尔和海龟踏上了一段发现之旅......到另一个充满巨型昆虫的维度！
正义力量再现
May 8, 2004
米开朗基罗为了收集一本稀有漫画，将忍者神龟和凯西·琼斯带回了马萨诸塞州北安普顿。在这里，他们揭露了一个疯子绑架一个名为“正义力量”的退休超级英雄团队成员的阴谋。
超级竞赛(1)
May 15, 2004
每三年，斯普林特都会让他的学生去未知的地方。出于好奇，四只海龟决定这次跟着他。对主人的追击将海龟们带入了他们从未预料到的事情，就进入了“大乱斗”的中间：Nexus 之战，这是一场残酷的比赛，命运将被决定......
超级竞赛(2)
September 18, 2004
随着 Battle Nexus 锦标赛的继续，海龟队发现了更多关于他们的主人 Splinter 的信息。他们还与三年前斯普林特在锦标赛中击败的战士发生了冲突：德拉科勋爵。
超级竞赛(3)
September 25, 2004
Battle Nexus 锦标赛开始对忍者神龟造成影响：莱昂纳多中毒，斯普林特被陷害，德拉科勋爵离胜利更近了一步。
超级竞赛(4)
October 2, 2004
Battle Nexus 锦标赛接近尾声：Dontello 发现自己正在与 Usagi Yujumbo 一起为自己的生命而战，因为 Mikey 准备成为 Battle Nexus 冠军。莱昂纳多的病情恶化，斯普林特仍在监狱里。更糟糕的是，德拉科勋爵现在控制了大名战杖......
