季 6
September 28, 2006
本季新增加了绿箭侠这一角色。另外本季也对Zod做了详细解释，他是终极的恐怖份子，和Jor-El曾经是朋友后来成为敌人。跟传统超人故事不同的是，毁灭氪星的是一个政治阴谋而不是星球太靠近太阳。另外本季的主题会是关于Lex的，观众们绝对会见到更残酷的Lex，也会见到善良的人的堕落，不只是拉娜还有玛莎。她跟莱诺会在一起吗，什么时候克拉克才会回来，幽体空间又会对他造成什么影响，一切答案都将在第6季中逐步解开。
22 集
集
佐德
September 28, 2006
失去超能力的克拉克被困在“幻影地带”，周围是他父亲囚禁在那里的罪犯们。然而，一个意想不到的盟友前来帮助他。与此同时，附身在莱克斯体内的佐德推进着他将地球变成新氪星的计划，同时利用拉娜为他生育继承人。
喷嚏
October 5, 2006
在佐德事件之后，克拉克获得了一项新能力。露易丝找到了一份新工作，拉娜与莱克斯的关系迈出新的一步，而莱克斯则要应对一个新的危险。与此同时，莱克斯的一位老朋友来到了大都会。
枯萎
October 12, 2006
克拉克和克罗伊追捕一种利用男性人类进行繁殖的植物生物，这种生物已将吉米·奥尔森选为下一个人类繁殖温床。与此同时，奥利弗·奎恩邀请不情愿的露易丝作为他的女伴，出席莱克斯举办的慈善舞会。
绿箭
October 19, 2006
神秘的绿箭侠从玛莎那里偷走了一条项链，露易丝和克拉克都决心查明这位义警的身份。克拉克确定了绿箭侠的真实身份，而莱克斯则继续调查神秘的黑匣子，同时莱昂警告拉娜要提防莱克斯。
重聚
October 26, 2006
莱克斯和奥利弗·奎恩回到他们以前的预科学校参加校友聚会，但奥利弗的老朋友们（也是莱克斯的老对头）开始死于神秘事故。与此同时，克拉克得知有某个人……或某个东西可能和他一起离开了幻影地带。
后果
November 2, 2006
从幻影地带逃出后，拉娅来到斯莫尔维尔看望克拉克。拉娅和克拉克关系变得密切，拉娅揭示了如何修复孤独堡垒。不幸的是，另一个逃犯巴恩因在幻影地带度过的时光而向克拉克和拉娅寻求报复。
狂暴
November 9, 2006
在阻止一起劫车事件时中枪后，绿箭侠开始行为异常。克罗伊和克拉克展开调查，发现奥利弗正在服用一种超级药物，这种药物虽然能治愈他的伤口，但会产生一些危险的副作用。
静电
November 16, 2006
一名从幻影地带逃出的逃犯杀害了西雅图一艘船上的船员。克拉克与这个以受害者骨骼为食的杀手对峙。在斯莫尔维尔，卢瑟公司实验室的一名病人逃脱实验，并通过将莱克斯困在一个他能看见和听见周围人、但别人看不见他的维度中来寻求报复。
地下
December 7, 2006
一名非法移民从他工作的附近农场逃出来，向克拉克求助……那个农场隐藏着一个黑暗的秘密。
水妖
January 11, 2007
一名《星球日报》的八卦专栏作家利用她的特殊能力偷听到拉娜和克罗伊之间的对话，并将对话内容刊登出来……其中拉娜承认对嫁给莱克斯有所疑虑。当克罗伊调查这名记者时，露易丝请求克拉克帮助她调查神秘的绿箭侠盗贼，因为她怀疑他可能就是伪装的奥利弗·奎恩。
正义
January 18, 2007
当莱克斯的33.1计划项目实现时，奥利弗·奎恩必须召集克拉克的几个拥有超能力的“英雄”盟友：亚瑟·库里、巴特·艾伦和维克多·斯通。
迷宫
January 25, 2007
克拉克前一秒还在自己的谷仓里……下一秒却发现自己在一家精神病院，他得知自己一直患有妄想症，以为自己来自另一个星球并拥有超能力。
深红
February 1, 2007
克拉克再次暴露在红色氪石下，他的“另一个自我”在情人节那天开始肆意妄为，亲吻他最吸引的女性，并对他周围的各种关系毫无顾忌地表达自己的情感。
侵入
February 8, 2007
拉娜有一个跟踪狂，这把她引向了一个意想不到的藏身处。此外，吉米认为克罗伊并没有真正放下克拉克，两人分手后，克罗伊不得不重新评估她对克拉克的感情。
怪胎
February 15, 2007
一个名叫托拜厄斯的男孩在流星雨中失明，但获得了识别其他流星怪胎的能力。莱克斯正在利用托拜厄斯寻找其他有超能力的人，以便对他们进行实验。拉娜得知托拜厄斯的事后，担心他会指认克拉克是怪胎，于是主动提出给他做角膜移植以让他闭嘴。但托拜厄斯有一些令人惊讶的消息。
承诺
March 15, 2007
克拉克对拉娜嫁给莱克斯一事产生了疑虑，拉娜也有同样的担忧。与此同时，知晓拉娜怀孕背后秘密的医生用他所知的情况威胁莱克斯。
格斗
March 22, 2007
克拉克和克罗伊发现了一个名叫泰坦的逃犯，他是一个秘密格斗俱乐部的明星，该俱乐部将死亡格斗视频发布到互联网上。露易丝觉得这里有新闻可挖，便前去调查，结果被送进了格斗场。克拉克以超能力斗士的身份进入，准备与泰坦交手，却最终面对了另一个对手。
后代
April 19, 2007
莱克斯发现克罗伊的母亲拥有特殊能力，并强迫她帮助自己，以此换取克罗伊的生命。然而，她自己也有逃脱的妙计。
宿敌
April 26, 2007
莱克斯和克拉克有机会理清他们之间的分歧……当他们两人在一次爆炸后都被困在一个山洞里，而克拉克无法在不暴露超能力的情况下带他们出去。
黑色电影
May 3, 2007
拉娜和莱昂举行了一次秘密会面，之后拉娜中枪。吉米在观察会面照片时被人打昏。昏迷中，吉米梦见斯莫尔维尔的生活如果发生在20世纪40年代会是什么样子。克拉克是《星球日报》的记者，拉娜是策划了她大亨丈夫莱克斯死亡的海妖，而露易丝是莱昂拥有的酒吧里的歌手。
原型
May 10, 2007
莱克斯试图将一名据称已在阿富汗阵亡的士兵改造成“超级士兵”。一名参议员威胁要向全世界揭露莱克斯的实验室，这促使莱克斯派那名“士兵”去杀死参议员。露易丝目睹了袭击，成为了士兵的下一个目标。
幻影
May 17, 2007
克拉克发现了拉娜嫁给莱克斯的真正原因，并动身去杀死莱昂。莱克斯试图利用最后一个幻影的DNA来为他的超级士兵提供动力。露易丝前往一座大坝寻找莱克斯的实验室，但被保安抓住并受了致命伤。克罗伊的能力被发现了。
